Микробиологичната лаборатория заема важно място в лечебно-диагностичния процес – за поставяне на точна етиологична диагноза на бактериалните инфекции, назначаване на адекватно лечение, ранно откриване и ограничаване разпространението на вътреболнични полирезистентни щамове. Приоритетни задачи на лабораторията са поддържане на постоянно високо качество на микробиологичната диагностика за оптимизиране на грижата за болния човек, въвеждане на нови съвременни високотехнологични диагностични методи.

Лабораторната разполага със съвременна диагностична апаратура, обезпечаваща точна микробиологична диагностика. Работи с висококачествени и утвърдени в практиката диагностикуми и други консумативи. Използват се класически методи за изолиране и доказване на бактериите чрез посявка, култивиране, микроскопиране и други, както и автоматизирани методи за идентификация и определяне на антибиотична чувствителност. Лабораторията участва в система за външна оценка на качеството на диагностичната дейност към НЦЗПБ, за което се сертифицира два пъти годишно.

Лабораторията работи с автоматизирана система за идентификация на микроорганизмите и определяне на антибиотичната чувствителност и МИК – Erba Mannheim. Лабораторията разполага и с автоматизирана система за изследване на хемокултури.

Микробиологичната лаборатория извършва следните микробиологични изследвания: микробиологично изследване за изолиране на етиологичен причинител от сърдечносъдова система: хемокултура, сърдечна клапа, съдови протези, интравазални катетри и други; дихателна система: гърлен секрет, носен секрет, храчка, трахеален аспират, бронхоалвеоларен лаваж и други; урогенитална система: урина микционна, урина от катетър, урина пункционна, проба от уретрален катетър, влагалищен секрет, цервикален секрет, уретрален секрет и други; кожа и подкожие: раневи секрет, секрет от оперативна рана; секрет от фистула, други материали от рана; пунктати: плеврален дрен, торакален дрен, други дренажи, плеврален пунктат, перикардиален пунктат, пунктат от абсцес, други пунктати и други материали: ликвор, друг вид секрет (очен, ушен, устна кухина, кожен и други).

Определяне на антимикробната чувствителност на бързорастящи микроорганизми към антибиотици по дисково-дифузионния метод и определяне на МИК към определени антибиотици.

Идентификация на гъбички с медицинско значение, причинители на кожно-лигавични и системни инфекции, на база на тяхната микроскопска морфология и биохимична идентификация, определяне на антимикотична чувствителност.

Доказване на трудни за култивиране микроорганизми и причинените от тях заболявания: анаеробни инфекции, инфекции от хемофилус, менингококови инфекции.

Във връзка с превенция на вътреболничните инфекции лабораторията извършва и санитарно микробиологично изследване на материали от болнична среда, медицинска апаратура и медицински персонал.

Серологичната диагностика включва: АSТ, RF, тестове за сифилис – RPR.