Д-р Милена Перухова завършва Медицинския университет в София през 2008 г. Специализира гастроентерология във ВМА -София под ръководството на проф. Кацаров.

Д-р Перухова е работила като специалист гастроентеролог в Клиниката по гастроентерология в УМБАЛ Софиямед и в онкологичния център на УМБАЛ Аджибадем Сити Клиник. През 2017 г. става част от екипа на УМБАЛ „Лозенец“, като заема длъжността Началник клиника по вътрешни болести.

Д-р Перухова извършва рутинно горна, долна ендоскопия, перкутанни интервенции под ултразвуков контрол, както и конвенционална и доплер ехография. Д-р. Перухова има опит в лечението и проследяването на пациенти след чернодробна трансплантация. Работила е като преподавател на студенти по медицина в Медицинския факултет на СУ „Св. Климент Охридски“ София.

През 2022 г. става част от екипа на МБАЛ ‚Сърце и Мозък‘ Бургас.