Д-р Емил Филипов завежда отделението по коремна хирургия в ,Сърце и Мозък‘ Плевен. Има специалност по хирургия и над петнадесет години практика. В професионалния си път той е работил в клиника по колопроктология и гнойно-септична хирургия. Основните му интереси са в областта на хирургията с минимален достъп, роботизираната хирургия, онкологичната хирургия, спешната и военната хирургия и медицинско образование.

Преминал е курсове за лапароскопска хирургия и чернодробна хирургия във ВМА София и IRCAD – Франция. Сертифициран е за чернодробна интраоперативна ехография и хирургия с ехографска навигация в Милано, Италия, ехографска диагностика на патологията на малкия таз и перинеума в Тревизо, Италия, клинично хранене, трансанална ендоскопска микрохирургия (TEM и TAMIS), хирургично лечение на ректалния карцином в Любляна, Словения. онкологична хирургия. През 2023 г. се сертифицира за конзолен хирург и извършва интервенции с роботизирана система DaVinci X.

Организира и въвежда програма за лечение на пациенти с онкологични заболявания на перитонеума и напреднали злокачествени заболяания на стомаха, дебелото черво и яйчниците с циторедуктивна хирургия и интраперитонеална химиотерапия – HIPEC, PIPAC.

Членува в европейски асоциации на хирурзите по колопроктология и хирургична онкология.